שלום יהודה.
לכתחילה חשוב לפני שמתחיל להתפלל לדאוג לכך שיוכל להתפלל בנחת ובכוונה בלי שום הפרעה ושלא יצטרך להתעסק בשום דבר בזמן התפילה, ויחשוב שעומד להכנס לפגישה עם מלך מלכי המלכים ולכן יתפנה לשירותים לפני התפילה ויקנח אפו לפני התפילה.
אך אם חייב לקנח אפו באמצע תפילת עמידה ודאי שיכול לקנח, רק שישתדל כמה שיוכל לעשות זאת בשקט ובצינעה שלא יפריע למתפללים.
[שולחן ערוך אורח חיים סימן צב סעיף ג- "צריך קודם תפלה להסיר כיחו וניעו וכל דבר הטורדו."
שולחן ערוך אורח חיים סימן צז סעיף א- "לא יגהק (מוציא מגופו לפיו נפיחה מתוך שובעו רייטי"ר בלע"ז), ולא יפהק (פותח פיו להוציא רוח הפה); ואם צריך לפהק מתוך אונס, יניח ידו על פיו, שלא תראה פתיחתו." ]